PHP5.4.28 からセッションファイルのownerはrootもしくはWebサーバのユーザに限るという制限が付いたそうです。
session_start時に、
session_start(): Session data file is not created by your uid
のエラーが出たりします。
Vagrantfileで、ownerをroot(またはapache)に設定
config.vm.synced_folder "../", "/vagrant", type: "virtualbox",
:owner => "root",
:group => "root",
:mount_options => ["dmode=777", "fmode=777"]
init-env.shで、
chown root [セッションファイル保存先のパス]
を追加